管理工程系设物流工程（工学学位）、质量管理工程（管理学学位）两个专业。
（一）物流工程专业
立足粤港澳大湾区物流核心的区位优势，契合供应链应用与创新的需求，坚持知行合一、立德树人，秉承“培养基础扎实、素质过硬、敢于创新的高素质应用型人才”的办学目标，依托学校的工科特色，融合经济、管理和金融等学科基础，面向政府部门，电商、物流与供应链管理企业，培养系统掌握物流与供应链理论与方法，具有从事供应链金融、智能物流管理及供应链运营能力的高素质应用型人才。
在专业的整体实力上，物流工程专业拥有一支专业性强、教学科研水平高的专任教师队伍。同时，专业设置了不低于总学分30%的实践教学，并建立物流与供应链虚拟仿真、ERP与企业经营模拟等专业实验室。不仅如此，还与香港利丰供应链、法国迪卡侬物流、京东物流等业界知名企业共建3+1教学实习基地。
专业特色活动方面，物流工程专业有大学生物流设计大赛、“挑战杯”、创新创业大赛、企业经营模拟沙盘大赛。
（二）质量管理工程专业
质量管理工程专业围绕产品质量、工程质量、服务质量领域所急需的应用型质量管理人才应具备的知识体系与能力体系的要求，培养具备质量管理、质量规划、质量控制、质量评审与咨询、标准化管理、数字化检验检测等专业技能，培养富有创新精神和实践拓展能力，融合管理与技术于一体的复合应用型人才。
在专业的整体实力上，质量管理工程专业拥有一支专业性强、教学科研水平高的专任教师队伍。同时，专业设置了不低于总学分30%的实践教学，拥有ERP与企业经营模拟等专业实验室。不仅如此，依托东莞质量与品牌发展研究院和东莞理工学院质量与品牌研究中心，本专业与东莞市市场监督管理局、东莞市卓越绩效管理促进会、广东省制鞋标准化技术委员会、东莞市检验检测认证协会、东莞市价格认证中心、亚瑞仕管理体系认证有限公司、东莞市质量检测中心等形成了紧密的合作关系，可以满足质量管理工程专业课堂教学和实践教学的需求，确保人才培养质量。
专业特色活动方面，质量管理工程专业有“挑战杯”、创新创业大赛、企业经营模拟沙盘大赛。
